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重庆市肿瘤医院放射肿瘤生物学实验室特色技术介绍

发布时间:2018-06-11

    重庆市肿瘤医院放射肿瘤生物学实验室特色技术介绍
    一、高通量测序临床应用技术平台是当前精准医疗最为关键的平台之一,高通量测序技术特别适合于肿瘤基因检测
        近年来兴起的新一代DNA测序技术(NGS)能够同时对超过10亿个DNA片段进行测序,可以实现对大量基因的并行检测,是生物医学领域发展和应用最热门的革新性技术,为基础生物医学研究和临床检测提供了一个强大的工具。它最主要的优势是:(1)平行性,同时可以对上亿计的DNA片段进行测序;(2)数字化,通过深度测序可以鉴定微量的变异体DNA;这些优势是传统技术所不能达到的。肿瘤从本质来说是由于基因组的变异造成的,和肿瘤直接相关的基因高达700多种。另外肿瘤组织存在着肿瘤细胞异质性也使得其他传统技术无法全面检测多个位点和稀有突变,而NGS可以满足全面覆盖和高灵敏度两方面优点。
    二、我院现有的高通量测序技术平台(目前我们已掌握核“芯”技术,能够开展肿瘤相关基因检测产品定制化服务)
    我院自2016年初引进施小龙博士和唐超博士开展了高通量测序相关产品研发和临床应用工作。施小龙博士在二代测序方面具有10年多的经验,在欧洲分子生物学实验室(EMBL)近4年的博士后经验,在二代测序技术和应用、微流控芯片技术、(单细胞)基因组学和分子遗传学等方面具有国际前沿的研究经验和开阔的研究视野,精通各种极具商业化价值的基因靶向测序技术和基因检测技术。到我院工作后建立了多种高通量靶向测序技术平台:
    (1)基于扩增子靶向捕获技术的靶向测序技术,可对2-100个基因进行靶向测序,特别适合50-2000个DNA片段(120-190bp)的hotspot区域或SNP的靶向测序,可以开展肿瘤相关基因检测产品定制化服务(详见实验室特色技术之一——基于扩增子靶向捕获技术的靶向测序技术http://www.cqch.cn/view.php?aid=8463)。
    (2)基于探针杂交捕获的靶向基因测序,适合20-100个基因全编码区、1000-5000个DNA片段(200bp-300bp)的全编码区域或hotspot区域的靶向测序,这种技术平台特别适合癌症样品这种遗传异质性强的基因检测以及需要高灵敏度检测的样品类型如ctDNA,肿瘤组织DNA检测。目前我们已掌握核“芯”技术,能够开展肿瘤相关基因检测产品定制化服务,产品能够达到极高的靶向捕获效率,在较小的捕获区域能够达到70%的在靶率,已经达到世界最好水平;可以开展肿瘤相关基因检测产品定制化服务(详见特色技术-高效的ctDNA靶向测序技术http://www.cqch.cn/view.php?aid=8460)。
    (3)数据分析技术和临床解读能力,已经发展了一套相对成熟的NGS数据分析流程,包括reads比对、SNP calling、自动注释和临床报告解析流程。这需要遗传学背景、编程能力、生物统计学以及临床医学等知识,是高通量测序重要的技术平台之一。
    

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