纵隔畸胎瘤的临床表现与其他类型的纵隔肿瘤类似，主要取决于肿瘤大小、性质及位置。大多时候较小的良性畸胎瘤患者无任何症状，有时即使肿瘤巨大但未压迫周围器官及组织仍可无任何不适。若肿瘤巨大对周围组织压迫可导致响应的压迫症状，如压迫气管和支气管导致咳嗽、呼吸困难、肺不张、肺炎等症状。压迫喉返神经出现声音嘶哑，压迫上腔静脉会出现颜面部、上肢水肿等上腔静脉综合征症状。少数情况下，肿瘤畸胎瘤破入气管、支气管内，可咳出囊内容物，如毛发、牙齿、豆渣样皮脂。肿瘤穿破心包可导致急性心包填塞。肿瘤侵犯穿破纵隔胸膜导致胸腔积液。恶性肿瘤如肿瘤生长快速，并向周围器官侵犯或转移，胸痛、咳嗽和呼吸困难等症状出现更为迅速，除此之外还可出现体重下降及发热等特殊症状。