重庆市基本医疗保险药品目录的原则，一是要保证临床治疗必须方便职工用药，保障职工基本医疗的用药需求；二是要有利于控制药品支出费用，保证医疗保险基金收支平衡；三是贯彻中西医并举方针，中西药兼顾；四是有利于我国医药事业的发展。

基本医疗保险药品目录是指保证职工临床治疗必需的，纳入基本医疗保险给付范围内的药品目录，它是基本医疗保险用药范围管理的一种方式。它由甲类名录和乙类目录两部分组成。“甲类目录”的药物是指重庆市统一的、能保证临床治疗基本需要的药物。这类药物的费用纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险的给付标准支付费用。“乙类目录”的药物是指基本医疗保险基金有部分能力支付费用的药物，这类药物先由职工支付一定比例的费用后，再纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险给付标准支付费用。